La Biblioteca Arcivescovile Alagoniana rappresenta un prezioso scrigno in cui viene gelosamente conservato un patrimonio di 70.000 volumi diviso tra un fondo antico composto da 20 codici miniati, 70 incunaboli, e diverse migliaia di libri stampati tra il 1500 e il 1830, ed un fondo moderno (dal 1831) aggiornato con le più moderne edizioni bibliografiche.
I voluminosi manoscritti, i codici miniati, gli incunaboli, i rari libri dei secoli passati, rappresentano un unicum nel panorama culturale siracusano, patrimonio a cui per secoli hanno attinto, e continuano ad attingere, eruditi studiosi, storici, studenti, e ricercatori in genere.
“… sub anathematis paena proecipimus, ne quisquam ab hac Biblioteca Venerabilis Seminarii Clericorum folia, libros, quinterna, e manuscripta quacumque causa, vel quesito colore extrahere, et esportare…”
Con l’autorità riconosciutagli dal diritto canonico, questo anatema, dettato dal Vescovo Giambattista Alagona, ipso facto avrebbe raggiunto chiunque avesse asportato per qualunque causa libri, fogli, manoscritti o parti di libro dalla Biblioteca Arcivescovile Alagoniana di Siracusa.
Per meglio comprendere la motivazione che spinse il Vescovo Alagona a emanare questo importante decreto ecclesiastico altrimenti conosciuto con il nome di 'scomunica', bisogna ripercorrere il periodo storico compreso fra la metà del XVIII e il primo trentennio del XIX secolo, epoca questa in cui Siracusa giunse al massimo splendore culturale dopo i secoli di oblio succeduti ai fasti dell’epoca classica.